百科狗python如何画火山图
python中如何画火山图
1、导入数据
importpandasaspd#Dataanalysis
importnumpyasnp#Scientificcomputing
importseabornassns#Statisticalvisualization
#读取数据
df=pd.read_csv('./dataset_volcano.txt',sep='\t')
result=pd.DataFrame()
result['x']=df['logFC']
result['y']=df['P.Value']
result['-log10(pvalue)']=-df['P.Value'].apply(np.log10)
2、设置阈值
#设置pvalue和logFC的阈值
cut_off_pvalue=0.0000001
cut_off_logFC=1
3、设置分组
#分组为up,normal,down
result.loc[(result.x>cut_off_logFC)&(result.y
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