红色警戒3命令与征服中欧米茄百合子和红色警戒2心灵的终结尤里有什么关系？

没有关系

RA3 和 RA2 的剧情，无论是时间轴还是事件上都完全没有交集

尤里在 RA2 中是企图利用精神控制力量复兴苏联并统一世界

百合子在 RA3 中是被帝国软禁用以开发精神力武器的工具

楼上说的都不太确切。

严格说起来：

红警2的开发公司是west wood，发行公司是EA；

红警3的开发公司是EALA（EA洛杉矶工作室），发行公司是EA。

拿图书出版来打个比方，开发公司是写书的作者，而发行公司是出版社。