与blastp相比,说明psi-blast工具具有什么特点
PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile,然后用新的profile再次搜索数据库,如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库,将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法,能寻找蛋白质序列中的隐含模式,有研究表明这种方法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白,甚至可以与一些结构比对方法,如threading相媲美。PSI-BLAST服务可以在NCBI的BLAST主页上找到,还可以从NCBI的FTP服务器上下载PSI-BLAST的独立程序。
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什么是blast 序列数据库检索的假阳性结果和假阴性结果
blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较;Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系;Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对,对分析新序列和EST很有用;Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对,对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用
blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较;Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系;Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对,对分析新序列和EST很有用;Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对,对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用